Shopee在马来西亚、泰国、菲律宾、越南等市场设立海外仓，在中国南宁加设立国内仓。同时，中国卖家可以开第三方仓(3PF)店铺，前台显示本地发货。
具体来说，Shopee提供仓储、发货、售后等一站式管理:卖家只需要负责将货物运送到海外仓库或当地市场的南宁仓库即可；店铺生成订单后，Shopee负责包装发货、后续售后等。
开官方仓的卖家可以获得Shopee提供的独特激励资源支持，如秒杀、广告、活动等。
除了官方仓库之外，Shopee还为有能力在第三方仓库(3PF)或自有仓库履行当地合同的中国卖家提供了更灵活、更合适的“第三方仓库商店”物流模式。
跨境卖家可以通过Shopee卖家中心创建3PF店铺，根据自己的商品尺寸和价格定位最合适的仓储服务商或自有仓库，从而节约成本和提高时效，并在前台显示本地发货。
卖家满足注册要求和考核目标，通过Shopee的审核后，可以选择使用当地自有仓库或与当地其他第三方仓库合作，对接Shopee的最终旅程。
此外，Shoppee今年在中国南宁增加了一个仓库，卖家可以批量发货到Shoppee在中国南宁保税区的仓库。平台仓提供货代、报关清关、海外码头一站式服务，一个库存覆盖泰国和越南两个市场。
南宁仓库发货时限24小时，入库时限24小时。与SLS相比，实际发货时限快2-3天，库存准确率100%。与SLS相比，南宁仓库到泰国的终端成本降低70%，到越南降低50%。Shopee南宁仓库还可以提前15天提醒卖家补货，避免30%以上的订单流失。
据统计，今年9月9日大促当天，东南亚知名美妆品牌卖家比平时增加了10倍左右，南宁地区的仓库发货单量约为5500单。
同时，Shopee还对仓库操作流程和系统功能进行了升级，并引入了以下新功能。
在入库流程中，增加了入库预约流程和入库异常处理流程。同时，仓储异常处理功能在卖方中心上线。新功能使2022年上半年平均入库时效率提升94%，异常处理平均时效缩短1-2周。
在入库方面，增加了退货或销毁仓库的申请、丢失和损坏库存的赔偿、商品重量和规格的二次核实和更正。发货方面，增加了对海外仓履约订单取消率的监控。目前发货时效提升99.7%，2022年上半年菲律宾海外仓取消率降至0.32%。
在尾货交付方面，增加了尾货交付中丢失零件或未交付零件的主动赔偿，赔偿时效缩短为15天。
退货和退款方面，增加了退货退款和争议升级的流程。如因官仓或尾部物流责任导致发货失败、二次入库，退还运费；如果不能再次入库，运费和价值退回。
