一、旗舰店、专卖店的区别主要有：
1、定义上的区别。
旗舰店：天猫旗舰店是商家以自有品牌(商标为R或TM状态)入驻天猫开设的店铺，称为该品牌的“官方旗舰店”。
专卖店：商家持品牌授权文件在天猫开设的店铺，，在淘宝商城开设该品牌的店铺，称为“品牌专卖店”。
二、在经营主体上的区别是：
旗舰店：自有品牌企业(品牌须为申请开店的企业所有或企业法定代表人所有)。
专卖店：取得该品牌所有者或公司正式授权的企业法人。
三、在经营范围上的区别：
旗舰店：天猫旗舰店可以经营同一品牌、同一个一级类目下的所有产品，或者是经营多个自有品牌商品且各品牌归于同一实际控制人。
专卖店：天猫专卖店可以经营一个授权品牌下的同一个一级类目的所有产品，也可以经营多个授权销售品牌的商品且各品牌归于同一实际控制人。
四、品牌资质上的区别
旗舰店：国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，也就是说要要注册商标。
